8 мая Свердловский районный суд Красноярска принял решение об аресте Быкова на срок до 4 июля 2020 года[44]; 11 мая его адвокат Алексей Прохоров подал апелляционную жалобу в коллегию по уголовным делам Красноярского краевого суда, с целью добиться освобождения под залог или под домашний арест[45], которая 22 мая была отклонена[46]. 29 июня Железнодорожный районный суд продлил арест до 3 октября и, несмотря на поданую адвокатами апелляцию, 16 июля его решение поддержал Красноярский краевой суд[47]. 30 сентября Железнодорожный районный суд продлил арест до 6 декабря 2020 года[48]. 22 октября 2020 года Красноярский краевой суд рассмотрев «апелляцию на решение Железнодорожного суда и принял решение избрать мерой пресечения домашний арест до 6 декабря»[49], хотя 3 ноября 2020 года, в связи с повторным задержанием Быкова 22 октября, при рассмотрении апелляции стороны защиты Красноярский краевой суд постановил её отклонить и оставить ходатайство о домашнем аресте без удовлетворения [50]. 16 декабря 2020 года Железнодорожный районный суд Красноярска продлил арест сроком на два месяца до 24 февраля 2021 года[51].
15 мая Главное следственное управление Следственного комитета Российской Федерации по Красноярскому краю и Республике Хакасия предъявило Быкову обвинение (пункты «д», «з», «н» статьи 102 УК РСФСР) в организации летом 1994 года заказных убийств Кирилла Войтенко и Александра Наумова, двух членов возглавляемой им преступной группировки, которых он считал ответственными за покушение на себя[24][52][53]. В тот же день Следственным комитетом РФ была опубликована видеозапись ранее проведённой очной ставки, где наряду с Татаренковым свидетельские показания дали Сергей Бакуров и Владимир Чучков, которые, по версии следствия, являются исполнителями данных убийств[54].
13 июля Главное следственное управление Следственного комитета Российской Федерации по Красноярскому краю и Хакасии также предъявило Быкову обвинение по части 1 статьи 210 УК РФ. Согласно материалам следствия в 1993—1995 годах он создал организовнные преступные группировки, включая свою, а также присоединил к ней группировки Вилора Струганова, Владимира Татаренкова и других, а после 1997 года занимался координинацией их преступной деятельности и создавал всё условия для совершения ими преступлений. Следствие считает, что благодаря Быкову между группировками был осуществлён раздел доходов и сфер преступного влияния с целью совершения тяжких и особо тяжких преступлений и захвата власти в преступной среде Красноярского края: так в 1997 году члены его группировок совершили убийство Артюшкова, в 1998 году — Филиппова и в 1999 году — Хонина[24][55].
21 сентября 2020 года Главное следственное управление Следственного комитета Российской Федерации по Красноярскому краю сообщило, что по предварительной версии следствия, примерно в начале октября 2004 года в посёлке Удачном, расположенном вблизи Красноярска, Быков убедил своего знакомого убить 38-летнего вице-президента Федерации бокса Красноярского края Андрея Грабовского. Само покушение произошло 1 ноября 2004 года, когда исполнитель убийства расстрелял из автомата Калашникова автомобиль BMW, на котором потерпевший ехал по дороге в направлении посёлка Овинный. Грабовский остался жив, поскольку успел во время обстрела увести свой автомобиль в сторону и пули пробили лобовое стекло и кузов автомобиля и лобовое стекло, а киллер после этого скрылся с места происшествия[56][57][58].
28 октября 2020 года «следственными органами Следственного комитета России по Красноярскому краю и Республике Хакасия предъявлено обвинение Анатолию Быкову в совершении преступления, предусмотренного частью 4 статьи 33, пунктом "з" части 2 статьи 105 УК РФ (подстрекательство к совершению убийства по найму)». Согласно материалам данным следствия, в сентябре 2004 года Быков, испытывая личную неприязнь, замыслил совершить убийство 42-летнего жителя Красноярска бизнесмена Андрея Неколова, являвшегося учредителем фирмы по переработке промышленных отходов. В период с сентября по октябрь 2004 года Быков, находясь на территории своего дома, находящегося в посёлке Удачном, встретился со своим знакомым и за 50 тысяч долларов заказал ему убийство потерпевшего. Следственный комитет отмечает, что: «После достигнутой договоренности киллер стал выслеживать потерпевшего и в утреннее время 18 января 2005 года около спуска к гаражному массиву, расположенному у дома № 66 по улице Ады Лебедевой города Красноярска, из пистолета ТТ произвёл в мужчину не менее четырёх смертельных выстрелов. При дальнейшей встрече Анатолий Быков заплатил знакомому за убийство учредителя фирмы часть денежных средств в сумме 10 тысяч долларов США»[59][60].